Szkołę założyło Stowarzyszenie Świętej Rodziny i do dziś sprawuje nad nią opiekę. Do stowarzyszenia należą ludzie dobrej woli pracujący wyłącznie społecznie.
Pierwszy rok szkolny rozpoczął się 1 IX 1997 r. Budynku użyczył nam ksiądz Andrzej Pluta – proboszcz parafii Chrystusa Odkupiciela Człowieka przy ulicy kard. S. Wyszyńskiego. Dzięki jego trosce i życzliwości szkoła ciągle rozwija się. Ksiądz Andrzej został naszym duszpasterzem na pierwsze dwa lata. Potem przez 3 lata funkcję tę pełnił ks. Piotr Podolak, a następnie znów ks. Andrzej aż do dziś.
Przy powstaniu szkoły swój znaczący udział mieli – oprócz Stowarzyszenia p. Stanisław Sienkiewicz, p. Marian Andruszkiewicz, p. Maria Bukowska. Dziękujemy im za to.
Początkowo w szkole była tylko jedna klasa, ale z każdym rokiem przybywało uczniów. W drugim roku powstała „zerówka”. W kolejnych latach szkoła była ciągle remontowana i wyposażana. Szczególne słowa uznania należą się tu rodzicom i ks. Andrzejowi. Wraz z rozwojem szkoły zaczęły działać: Rada Rodziców, Samorząd Uczniowski, wiele kółek zainteresowań, ZHR i zuchy.
Na stałe do szkolnego kalendarza weszły:
Tradycją szkoły stało się wspólne przeżywanie świąt narodowych i pielęgnowanie tradycji naszego kraju. W 2000 r. „zerówka” działała już w nowootwartym przedszkolu jednooddziałowym. W 2002/2003 roku mieliśmy klasę szóstą. Potem powstało gimnazjum, które ma dziś trzy klasy. Od 2005 r. mamy swój sztandar szkolny, z czego bardzo się cieszymy.
Prężnie działa Rada Rodziców. Wykazuje swoją inicjatywę w różnych momentach życia szkolnego:
Cieszymy się, że pomimo swoich licznych obowiązków codziennych rodzice z Rady Rodziców są tak aktywni.
Od kiedy mamy w szkole starsze klasy, zaczął funkcjonować Samorząd Uczniowski. Jego działalność to prawdziwa lekcja demokracji dla całej społeczności. Na wszystkich chętnych po lekcjach czekają różnorodne koła zainteresowań. Oferta jest bardzo bogata. Można się rozwijać, a także uzyskać w razie potrzeby pomoc. Nasi uczniowie biorą udział w wielu konkursach pozaszkolnych i osiągają tam wysokie miejsca. Mają okazję nie tylko zmierzyć się ze swymi rówieśnikami, ale także nawiązać bliższe kontakty. Cieszy nas, że w tak małej szkole jak nasza uczniowie mogą zdobywać wysoko notowane miejsca konkursowe nawet na skalę województwa czy kraju.
W 2002 r. obchodziliśmy 5-lecie szkoły, a w 2007 10-lecie. Z okazji dziesięciolecia wydaliśmy książkę „Katolicki Zespół Edukacyjny im. Świętej Rodziny w Olsztynie 1997-2007″.Jest ona dziełem całej społeczności szkolnej. Chcieliśmy ocalić od zapomnienia to, co wypracowaliśmy, co wspólnie przeżywaliśmy.
Dziś szkoła ma już swoją bogatą tradycję i dorobek. Stara się dobrze uczyć i wychowywać w duchu wartości katolickich. Dobro naszych wychowanków postrzegane przez pryzmat wychowania katolickiego jest dla nas najważniejsze